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Text File  |  1995-03-04  |  3.1 KB  |  69 lines
  1. ***************************
  2. * DnaJ domains signatures *
  3. ***************************
  4.  
  5. The prokaryotic heat shock protein dnaJ  interacts  with  the chaperone hsp70-
  6. like dnaK  protein  [1].  Structurally,  the  dnaJ  protein  consists of an N-
  7. terminal conserved  domain  (called  'J'  domain)  of  about 70 amino acids, a
  8. glycine-rich region  ('G'  domain')  of  about  30  residues, a central domain
  9. containing four  repeats  of  a CXXCXGXG motif ('CRR' domain) and a C-terminal
  10. region of  120  to  170  residues.  Such a structure is shown in the following
  11. schematic representation:
  12.  
  13.   +------------+-+-------+-----+-----------+--------------------------------+
  14.   | N-terminal | | Gly-R |     | CXXCXGXG  | C-terminal                     |
  15.   +------------+-+-------+-----+-----------+--------------------------------+
  16.  
  17. It has been shown [2] that the 'J' domain as well as the 'CRR' domain are also
  18. found in other prokaryotic and eukaryotic proteins which are listed below.
  19.  
  20. a) Proteins containing both a 'J' and a 'CRR' domain:
  21.  
  22.  - Yeast protein MAS5/YDJ1 which seems to be involved in mitochondrial protein
  23.    import.
  24.  - Yeast  protein  MDJ1,  involved  in  mitochondrial  biogenesis  and protein
  25.    folding.
  26.  - Yeast protein SCJ1, involved in protein sorting.
  27.  - Plants dnaJ homologs (from leek and cucumber).
  28.  - Human HDJ2, a dnaJ homolog of unknown function.
  29.  
  30. b) Proteins containing a 'J' domain without a 'CRR' domain:
  31.  
  32.  - Rhizobium  fredii  nolC, a protein involved in cultivar-specific nodulation
  33.    of soybean.
  34.  - Escherichia coli cbpA [3], a protein that binds curved DNA.
  35.  - Yeast  protein  SEC63/NPL1,  important  for  protein    assembly  into  the
  36.    endoplasmic reticulum and the nucleus.
  37.  - Yeast protein SIS1, required for nuclear migration during mitosis.
  38.  - Plasmodium falciparium  ring-infected  erythrocyte  surface antigen (RESA).
  39.    RESA, whose function is not known, is associated with the membrane skeleton
  40.    of newly invaded erythrocytes.
  41.  - Human HDJ1.
  42.  - Human HSJ1, a neuronal protein.
  43.  
  44. We developed  a  signature  pattern  for  the  'J'  domain, based on conserved
  45. positions in  the  C-terminal half of this domain. We also developed a pattern
  46. for the 'CRR' domain, based on the first two copies of that motif.
  47.  
  48. -Consensus pattern: [FY]-x(2)-[LIVMA]-x(3)-[FYWH]-[DENQSA]-x-L-x-D-x(3)-[KR]-
  49.                     x(2)-[FY]
  50. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  51. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: budding yeast zuotin.
  52.  
  53. -Consensus pattern: C-[DESTHK]-x-C-x-G-x-[GK]-[AGSM]-x(2)-[GNK]-x(4,5)-C-
  54.                     x(2,3)-C-x-G-x-G
  55. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  56. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  57.  
  58. -Expert(s) to contact by email: Kelley W.
  59.                                 kelley@cmu.unige.ch
  60.  
  61. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  62.  
  63. [ 1] Cyr D.M., Langer T., Douglas M.G.
  64.      Trends Biochem. Sci. 19:176-181(1994).
  65. [ 2] Bork P., Sander C., Valencia A., Bukau B.
  66.      Trends Biochem. Sci. 17:129-129(1992).
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  69.